A l’échelle globale, les écosystèmes aquatiques jouent des rôles majeurs dans la régulation du climat et dans les flux de carbone. Elucider les processus à l’œuvre dans le fonctionnement de ces écosystèmes et les flux biogéochimiques est essentiel pour apprécier leurs dynamiques temporelles et leurs réponses à des perturbations, telles celles engendrées par les changements globaux. Les communautés microbiennes sont extrêmement complexes dans la plupart des environnements, de par la diversité des organismes qui sont caractérisés par des métabolismes variés, les interactions multiples qu’ils peuvent entretenir avec les autres organismes présents dans leur environnement, les cycles de vie composés de diverses stades de développement, la capacité de la plupart des microorganismes d’entrer dans des stades à faible activité cellulaire lorsque les conditions environnementales leur deviennent défavorables ainsi que leur capacité à migrer et coloniser de nouveaux milieux. Il est supposé que ces caractéristiques pourraient permettre aux communautés microbiennes d’être résiliantes face aux changements des conditions environnementales que ce soit des variations intra-annuelles (ex. saisons) ou inter-annuelles (ex. changements globaux) et ainsi d’assurer la stabilité du fonctionnement des écosystèmes. Il est couramment suggéré que les organismes situés en haut du réseau trophique seraient les plus sensibles aux changements de leur environnement. Or, du fait de la position basale des microorganismes dans les réseaux trophiques, tout changement, même mineur, au niveau de cette communauté pourrait affecter et déstabiliser en cascade le fonctionnement des écosystèmes. Mes activités de recherche ont pour objectif de mieux appréhender la diversité microbienne, de comprendre les processus qui la structurent et d'identifier le rôle joué par les microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques.

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